Radiografía genética del coronavirus en España gracias a la bioinformática

18 Agosto 2022/Agencias
Científicos españoles, gracias a un programa informático que ha analizado más de 70.000 muestras, han logrado hacer una radiografía de la evolución del SARS-CoV-2 en España durante los dos primeros años de pandemia, con seis variantes principales que se extendieron con éxito pero con distinta presencia en las comunidades.

Los resultados permiten comprender mejor a un virus que aún sigue en circulación y su evolución viral, así como afinar en la identificación de regiones esenciales de todas las proteínas del coronavirus que pueden ser elegidas como potenciales dianas diagnósticas terapéuticas y vacunales.

«Además de describir lo que ocurrió en España, el estudio aporta datos epidemiológicos de la infección que pueden servir como una buena herramienta de trabajo para cada una de las comunidades autónomas», resume a Efe la investigadora que ha liderado el trabajo, África Holguín, del Instituto Ramón y Cajal para la Investigación Sanitaria (Irycis) en el Hospital Universitario Ramón y Cajal de Madrid.

Se trata de que otros científicos puedan estudiar lo que ocurrió con el virus que causa la covid-19 en cada región y en cada ola epidemiológica, y puedan avanzar en nuevos descubrimientos.

En concreto, este mapa escudriña la variabilidad genética de las 26 proteínas del SARS-CoV-2, gracias a más de 70.000 secuencias de pacientes infectados durante las seis primeras olas de la pandemia, procedentes de todas las comunidades, además de Ceuta y Melilla, obtenidas de la base de datos GISAID.

El análisis se llevó a cabo con un programa informático (EpiMolBio) diseñado por el propio equipo; además de Holguín, el trabajo fue realizado por la investigadora Paloma Troyano-Hernáez y el experto en bioinformática Roberto Reinosa.

Gracias a la misma, el equipo pudo establecer las variantes del coronavirus circulantes en cada ola epidémica y región, y analizar la frecuencia de mutación del mismo y los cambios de aminoácidos más repetidos en cada proteína viral (estructurales, no estructurales y accesorias).

Una de las cosas que más sorprendió al equipo, detalla la científica, es la elevada conservación media de aminoácidos en las proteínas del virus (por encima del 99 %): «No quiere decir que no registre cambios, pero es un virus bastante conservado en comparación con otros virus con genoma ARN, como puede ser el VIH».

Los virus mutan siempre, dentro de su proceso biológico para replicarse. Aunque en ese sistema de copia hay ciertos mecanismos de corrección en el virus, estos no son capaces de corregir todos los errores que se producen durante la replicación, provocando una acumulación de errores o mutaciones que pueden desembocar en nuevas variantes o linajes.

Los virus aprovechan estos errores para boicotear al sistema inmunitario y algunos de esos cambios podrían aumentar su infectividad, pero no necesariamente su patogenicidad.

Los investigadores identificaron cada uno de esos cambios y constataron que el SARS-CoV-2, como ya habían apuntado otras investigaciones, no cambia demasiado, aunque cambia.

Algunas de las modificaciones detectadas estaban relacionadas con la evasión del sistema inmune, mientras que otras, con un aumento de la infectividad viral.

Durante el período de estudio, febrero de 2020 y enero de 2022, seis fueron las variantes o linajes principales que se extendieron con éxito en España: A.2, B.1, B.1.177, B.1.1.7 (Alpha), B.1.617.2 (Delta) y B.1.1.529 (Ómicron), con distinta presencia en las comunidades.

«Este estudio es importante porque hemos analizado cada uno de los residuos de las 26 proteínas del virus que causa la covid-19», agrega Holguín, también adscrita al Centro de Investigación Biomédica en Red Epidemiología y Salud Pública (Ciberesp).

El mapa de la evolución del virus se publicó recientemente en International Journal of Molecular Sciences, en un artículo que adjunta varias tablas con datos de comunidades que pueden servir para obtener información de una proteína concreta. «Es un valor añadido enorme para que lo usen otros investigadores», concluye.

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